Le diocèse de Gikongoro fournit 54% des écoles du territoire du diocèse. Ses écoles sont réputées pour la bonne qualité de l'enseignement. Le diocèse s’engage aux côtés de l’Etat du Rwanda pour réaliser l’Objectif du Millénaire pour le Développement n°2 : Assurer l’éducation primaire pour tous et ainsi rendre possible l’accès à l’école pour tous les enfants.